Как внести исправления в НДС старых периодов?

Здравствуйте.

Я новый бухгалтер в компании, проводили сверку в 4 квартале 2017 года с контрагентом, у которого идет выездная проверка. Оказалось что за 2014,2015 и 2016 есть задвоенные реализации в сумме на 635 595,99 тыс. Прошу совета как лучше поступить в данной ситуации. Обязательно ли подавать уточненную декларацию именно за период ошибки? Как при этом быть с декларацией по налогу на прибыль, нужно будет пересдавать за все последующие кварталы предыдущий годов? Как налоговая реагирует на такие большие суммы исправлений?

Хочется произвести сторнирование реализаций как можно безопаснее, так как у контрагента выездная и налоговая уже получили сведения о том что у нас ошибочные документы.